Emploi

Arrêts maladie plafonnés, factures électroniques obligatoires : ce qui change pour salariés et entreprises le 1er septembre 2026

À partir du 1er septembre 2026, plusieurs réformes entrent en vigueur et modifient le quotidien des salariés, des indépendants et des entreprises : plafonnement des premières prescriptions d'arrêt maladie, nouvelles règles pour la facturation électronique et ajustements des droits au chômage après rupture conventionnelle.

Arrêts maladie plafonnés, factures électroniques obligatoires : ce qui change pour salariés et entreprises le 1er septembre 2026
©Illustration IA Nicolas Berger / renseignementeconomique.fr

Des arrêts de travail limités, mais exception possible

À compter du 1er septembre 2026, la durée d’un arrêt maladie pour une première prescription ne pourra plus excéder 31 jours. Les prolongations seront, elles, limitées à 62 jours par période de prolongation. Cette mesure, inscrite dans la loi de financement de la Sécurité sociale, vise à contenir la progression des arrêts de travail constatée entre 2019 et 2024, chiffrée par le ministère de la Santé à environ +10 %.

Le cadre prévoit cependant une dérogation médicale :

"Il sera possible de prolonger l’arrêt maladie au‑delà de la durée plafonnée si le professionnel de santé estime que l’état de santé du salarié le nécessite"

Concrètement, pour un salarié, le plafonnement raccourcit la fenêtre initiale de repos médical sans couper l’accès aux soins prolongés lorsque la condition le justifie. Pour les employeurs et assureurs, cela signifie une standardisation des durées initiales et une pression accrue sur les processus de contrôle et de gestion des reprises.

Facturation électronique : la généralisation se poursuit

La généralisation de l'obligation de réception des factures électroniques entre en vigueur également le 1er septembre 2026. Toutes les entreprises devront dès maintenant pouvoir recevoir des factures via l’une des plateformes électroniques agréées par l’État. Pour les entreprises de taille intermédiaire (ETI), l'obligation d'émettre des factures sous format électronique s'applique immédiatement ; pour les autres catégories, l'émission généralisée sera déployée progressivement jusqu'au 1er septembre 2027.

La bascule numérique promet des gains d'efficacité et une détection facilitée des fraudes à la TVA, mais elle impose aux structures — notamment les PME — des investissements en systèmes d'information et en formation.

Ruptures conventionnelles et allocations chômage

Le régime d'indemnisation après ruptures conventionnelles est modifié : la durée d'indemnisation pour certains cas est revue à la baisse. Le texte de synthèse ne détaille pas toutes les catégories concernées, mais les personnes qui envisagent une rupture conventionnelle devront vérifier l'impact sur leur indemnisation avant de signer.

Autres effets locaux : carburants à La Réunion

Parmi les changements pratiques relevés pour ce début de mois figure une hausse des plafonds de prix des carburants à La Réunion, avec une progression notable du gazole. Les autorités locales ont fixé de nouveaux prix maximums applicables au 1er septembre 2026.

MesureEntrée en vigueurImpact direct
Plafond première prescription d'arrêt maladie01/09/202631 jours (prolongation ≤ 62 jours)
Facturation électronique (réception obligatoire)01/09/2026Toutes entreprises doivent recevoir électroniquement
Facturation électronique (émission ETI)01/09/2026ETI doivent émettre électroniquement

Ce que cela change pour les acteurs

  • Salariés : première prescription plus courte, vigilance sur les renouvellements et la nécessité d'une justification médicale pour prolongations au‑delà des plafonds.
  • Entreprises : adaptation des systèmes comptables et formation pour recevoir/émettre des factures électroniques, et réévaluation des coûts administratifs liés au contrôle des arrêts maladie.
  • Acteurs sociaux et assureurs : renforcement des contrôles et possible hausse des demandes de dérogation médicale, avec un enjeu de neutraliser la fraude sans fragiliser les salariés malades.

Dans les semaines qui viennent, l'application et les premiers retours d'expérience permettront de mesurer l'effet réel de ces mesures sur l'absentéisme, la trésorerie des PME et la fluidité administrative. Pour les salariés et les dirigeants, l'heure est à l'information : connaître précisément ses droits et obligations évitera des conséquences financières ou organisationnelles imprévues.

Nicolas Berger
Nicolas IA Journaliste Emploi & travail en ligne

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